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L'origine del toponimo "Lupatoto", è ancor oggi incerta. Per alcuni studiosi, esso deriverebbe da una pianticella detta "Lupia"; per altri da "Lova", terreno ricoperto da macchie, oppure da "Lucus totus", tutto bosco.

Le popolazioni residenti nella zona di San Giovanni Lupatoto e, più in generale, del Veneto, hanno origini antichissime. I primi abitanti furono infatti gli Euganei, dei quali si trovano ancora tracce nella zona di Raldon, località in cui è situata una delle più vaste aree palafitticole della provincia di Verona.
Nei secoli seguenti, altri popoli arrivarono nella zona di Verona, quali Reti, gli Etruschi, i Veneti e i Galli, ma furono ben presto i Veneti ad avere l'egemonia, scacciando gli altri popoli dal territorio.
Durante l'Impero di Cesare, i Veneti, divennero cittadini romani e la zona di Verona divenne così Municipio romano. I primi reperti ritrovati nella zona di San Giovanni Lupatoto risalgono però al 244 d.C. e sono stati rinvenuti nelle vicinanze di Raldon, che sembra fosse una necropoli plebea.

Il nome "San Giovanni Lupatoto" però, appare per la prima volta nel medioevo in un documento in cui si fissavano i; limiti delle proprietà della campagna.

In un documento del 1178 si legge:"Ad Sanctum Iohamnem ad lupum totum", luogo tutto lupi. A tale ipotesi è legata la tradizione per la quale, un tempo, questo territorio, ricco di fitti boschi, era infestato da numerosi lupi.
Le prime notizie storiche su S. Giovanni Lupatoto, risalgono al secolo XII.

Nel 1175, il monastero di San Giorgio in Braida, acquistava alcuni terreni presso Paquara, località vicino all'Adige. Nella relazione del 1178 sui confini della Campanea Veronensis, S. Giovanni era solo una località della campagna, possesso della città di Verona. Il 28 agosto 1233, ebbe luogo in questa zona, lungo l'Adige, un avvenimento storico importante: la Pace di Paquara. Per iniziativa di Frà Giovanni da Schio, si riunirono oltre 400.000 persone, con vescovi e prìncipi per porre termine alle continue guerre. È del 1300 l'esistenza della prima chiesetta, demolita nel 1765. Alla fine del XIV secolo, attorno ai primi insediamenti, si era già formato un importante villaggio legato al Vicariato di Cà di Campagna, unità amministrativa soggetta alla Fattoria Scaligera. Nel 1392, la chiesa di S. Giovanni, che dipendeva dalla pieve di Villafranca, di cui era cappella, acquisiva la cura d'anime, diventando parrocchia.
Ma all'autonomia religiosa, seguì ben presto, - con la dominazione veneziana - , quella civile-amministrativa.
Il 6 Novembre 1416 rappresenta una data storica per la comunità lupatotina. Assieme ad altri comuni, essa si affrancava della servitù feudale del Vicariato, iniziando un graduale processo di autonomia civile.

Nel 1553 si parla per la prima volta della chiesa di San Giovanni Battista come "ecclesia parrocchialis" soggetta alla cattedra di Verona.

Nel 1559, gli uomini di S. Giovanni Lupatoto f.... continua