La chiesa, che si trova in corso Magenta 15, fu iniziata nel 1503: le era annessa un monastero di Benedettine, detto "maggiore" perchè il primo e il più importante della città. L'unica navata di S.Maurizio è divisa trasversalmente da un parete in due parti: la chiesa pubblica e la chiesa claustrale qui davvero stupendo è un monumentale coro ligneo di pregevolissima fattura e ben conservato. Le pareti interne sono decorate da splendidi affreschi cinquecenteschi, in massima parte dovuti a Bernardino Luini. Dietro alla chiesa sorgono le due torri le cui fondazioni e parte dell'alzato sono di età romana. Nella chiesa, si effetuano dei cicli di concerti d'organo. Lo storico organo Antegnati, strumenti del 1554 - uno dei pochi esistenti di così antica data - fu commissionato dalle monache benedettine del Monastero Maggiore a Gian Giacomo Antegnati, organaro bresciano allora residente in città, e in parrocchia di Sant'Alessandro in Zebedia, e doveva come si legge nell'antico contratto, superare per dimensioni e registri strumenti di chiese ben più grandi. Ora l'organo, con un minuzioso lavoro affidato all'organaro Mascioni di Cuvio, ha recuperato la bellezza di suono e lo smalto timbrico di una volta.